外泌體蛋白一般包括：整體外泌體膜蛋白、內外周膜蛋白、脂質錨定外膜蛋白、脂質錨定內膜蛋白、外圍表面蛋白和外泌體酶。其中一些廣泛分布和細胞特異性的蛋白會被定位到外泌體中，包括細胞骨架蛋白、代謝酶、信號轉導分子、熱激蛋白（HSP70和HSP90）、四次跨膜蛋白（CD9、CD63、CD81和CD82）。

值得注意的是，這些已發(fā)現(xiàn)的外泌體蛋白中絕大部分也存在于其他類型細胞外囊泡中，包括一些所謂的“外泌體Marker”（如熱激蛋白、flotillins、MHC分子）；而同時確有一些外泌體Marker被認為是相對特異的，包括CD9、CD63、CD81、TSG101、Alix、HSP70和HSP90。因此單獨外泌體蛋白，是外泌體鑒定的必要不充分條件。