干細胞的鑒定主要依據(jù)其在形態(tài)特征、細胞成分與結(jié)構(gòu)、基因修飾與表達差異、生長特性、表型標志、體內(nèi)外分化潛能等方面與成熟細胞的差異，分別采用光學顯微鏡觀察、電鏡觀察、免疫組織化學、組織病理觀察、流式細胞術(shù)、基因結(jié)構(gòu)與開放表達、表觀遺傳分析等技術(shù)，從不同側(cè)面建立干細胞的鑒定技術(shù)方法、指標體系和標準。